Pasal 8 Undang-Undang Nomor 20 Tahun 1997 tentang Penerimaan Negara Bukan Pajak dan Peraturan Pemerintah Nomor 73 Tahun 1999 tentang Tatacara Penggunaan PNBP yang Bersumber dari Kegiatan Tertentu, mengatur bahwa dana yang bersumber dari PNBP pada prinsipnya dapat digunakan untuk membiayai kegiatan dalam rangka penyelenggaraan pelayanan yang menghasilkan PNBP itu sendiri. 

Ketentuan tersebut dimaksudkan untuk memberikan kepastian alokasi pembiayaan kegiatan tertentu yang berkaitan dengan jenis PNBP. Dana PNBP yang dapat dialokasikan adalah dana dari jenis PNBP yang berkaitan dengan kegiatan tertentu tersebut. Dana dimaksud hanya dapat digunakan oleh instansi atau unit yang menghasilkan PNBP yang bersangkutan.
Penggunaan PNBP tersebut dilakukan secara selektif dan tetap harus memenuhi terlebih dahulu ketentuan bahwa seluruh PNBP wajib disetor langsung secepatnya ke Kas Negara dan dikelola dalam sistem APBN. Namun, yang perlu diingat bahwa Kementerian/Lembaga baru dapat menggunakan dana PNBP tersebut setelah mendapat persetujuan penggunaan sebagian dana PNBP dari Menteri Keuangan.
Oleh karena itu, sebelum dapat menggunakan sebagian dana PNBP tersebut, alangkah baiknya kita pahami terlebih dahulu tata cara yang harus dilakukan agar dapat memperoleh persetujuan penggunaan sebagian dana PNBP dari Menteri Keuangan. Sebagaimana penyusunan RPP tentang Jenis dan Tarif atas Jenis PNBP, tata cara pengajuan permohonan sampai dengan penetapan Keputusan Menteri Keuangan (KMK) tentang Persetujuan Penggunaan Sebagian Dana PNBP telah diatur dalam Standard Operating Procedure (SOP) Kementerian Keuangan c.q. Direktorat Jenderal Anggaran. Berdasarkan SOP dimaksud, tata cara pengajuan dan penetapan KMK dimaksud adalah sebagai berikut:
1. Pimpinan Kementerian/Lembaga menyampaikan usulan penggunaan sebagian dana PNBP kepada Menteri Keuangan dengan dilengkapi proposal sesuai outline yang antara lain berisi:
a. Latar belakang;
b. Tujuan penggunaan dana PNBP;
c. Tugas dan fungsi;
d. Rincian Anggaran Biaya (RAB);
e. Kesesuaian RAB dengan tugas dan fungsi;
f. Target dan realisasi PNBP (apabila ada);
g. Perkiraan Penerimaan 3 Tahun yang akan datang;
h. Output & Outcome
2. Selanjutnya usulan penggunaan dana PNBP tersebut dibahas bersama oleh wakil dari Kementerian Keuangan (dikoordinasikan oleh Direktorat PNBP, Direktorat Jenderal Anggaran) dan Kementerian/Lembaga yang bersangkutan untuk mendapatkan justifikasi atas usulan penggunaan beserta kegiatan yang diusulkan untuk dibiayai dari dana PNBP.
3. Berdasarkan hasil pembahasan, Direktorat Jenderal Anggaran c.q. Direktorat PNBP melakukan analisis kelayakan atas usulan penggunaan PNBP. Analisis dilakukan untuk memastikan kegiatan yang diusulkan untuk dibiayai merupakan tugas dan fungsi Kementerian/Lembaga yang bersangkutan, tidak adanya duplikasi pembiayaan serta berkaitan langsung dengan pelayanan yang menghasilkan PNBP. Selain itu, analisis juga dilakukan untuk menilai kelayakan besaran satuan dan volume yang digunakan agar sesuai dengan standar biaya yang berlaku.
4. Selanjutnya, Direktur Jenderal Anggaran mengusulkan kegiatan yang akan dibiayai beserta besaran dana (persentase) hasil analisis tersebut kepada Menteri Keuangan.
5. Menteri Keuangan menetapkan KMK tentang Persetujuan Penggunaan Sebagian Dana PNBP yang Berlaku pada Kementerian/Lembaga yang memuat unit yang mendapatkan ijin beserta sumber PNBP, besaran persentase PNBP yang dapat digunakan serta kegiatan yang dapat dibiayai dari PNBP pada Kementerian/Lembaga yang bersangkutan.
6. Pimpinan Kementerian/Lembaga menerima KMK tentang Persetujuan Penggunaan Sebagian Dana PNBP yang Berlaku pada Kementerian/Lembaga dan selanjutnya unit yang bersangkutan dapat menggunakan sebagian dana PNBP setelah PNBP disetorkan ke Kas Negara dan telah tercantum dalam dokumen anggarannya.

(Sumber: Disarikan dari “Buku I: Pengelolaan PNBP Pada Kementerian/Lembaga”, Kementerian Keuangan 2010)